Sorto nel paleozoico sulla depressione del sistema sardo-corso, l’arcipelago comprende le isole di Maddalena, l’unica abitata, Caprera, Spargi, Santo Stefano, Budelli, Razzoli, Santa Maria ed altri isolotti (Mortorio, Soffi, Nibani). Celebre meta turistica, offre scenari naturali di eccezionale bellezza: Porto di Madonna, Spiaggia Rosa, Cala Coticciu, Cala del Relitto, Cala Corsara, Cala Connari, Cala Granara, Cala Lunga, Cala Santa Maria . I litorali sono caratterizzati da un andamento frastagliato in cui sono frequenti rias e falesie; le spiagge sono di dimensioni limitate e in alcuni casi, come nella spiaggia rosa di Budelli, le sabbie sono arricchite da resti organici biodetritici che danno luogo a particolari colorazioni.
Il paesaggio dominante è roccioso, ma il granito, qua e là, lascia spazio alla vegetazione: soprattutto una folta macchia, dominata da ginepro, corbezzolo, fillirea, lentisco, mirto, erica, calicotome, cisto ed euforbia; particolarmente ricca di vegetazione l’isola di Caprera, già riserva naturale orientata, dove sono presenti anche pinete, boschi di leccio e ginepreti. Il patrimonio floristico dell’arcipelago comprende circa 750 entità, di cui 56 endemiche.
L’ambiente marino è ricco di habitat e specie, alcune di queste molto rare e protette, come l’alga rossa Lithophyllum lichenoides e la patella gigante Patella ferruginea, presenti ai livelli più superficiali. Nei fondali si estendono praterie di Posidonia oceanica .
Per quanto riguarda l’ittiofauna e la cetofauna, l’area dell’arciperlago e più in generale delle Bocche di Bonifacio è tra le più ricche del Mediterraneo, con popolazioni stanziali di cernie brune, corvine, saraghi, stenelle e tursiopi. Per queste due ultime importanti presenze il parco è incluso nel “Santuario dei cetacei”, spazio marino corso-ligure-provenzale di protezione di balene e mammiferi marini, recentemente istituito. Altrettanto ricca l’avifauna, che annovera specie rare, quali la berta maggiore, la berta minore, l’uccello delle tempeste, il cormorano dal ciuffo ed il gabbiano corso.
Interessata da rinvenimenti neolitici, la zona ha restituito abbondanti testimonianze di epoca ellenistico-romana, soprattutto relitti di navi onerarie naufragate (relitto di Spargi, 120 a.C.). Il popolamento dell’arcipelago ebbe però inizio nel XVI secolo, ad opera di pastori corsi, mentre la bella cittadina di Maddalena fu fondata a fini di contrasto del contrabbando nel 1767. Questa divenne nel 1887 terza base navale dello Stato italiano e, più recentemente, sede della Marina militare americana e di Ammiragliato. L’isola di Caprera è invece in particolare legata al ricordo di Giuseppe Garibaldi, che vi visse dal 1854 al 1882, anno di morte. L’eroe iniziò il rimboschimento dell’isola impiantandovi migliaia di pini, alcuni dei quali ancora oggi vegeti. La “casa bianca ” dell’eroe costituisce oggi il fulcro di un suggestivo compendio museale statale.
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