L’ARPAS ha tra i suoi compiti istituzionali il controllo delle Acque di Balneazione finalizzato alla protezione della salute delle persone ai sensi della normativa vigente e ai fini della classificazione effettuata dalla Direzione Generale del Distretto Idrografico della Sardegna.
I campionamenti e le relative analisi vengono eseguite dal 1° aprile al 30 settembre di ogni anno, con frequenza mensile o bimensile. Per ogni stazione di monitoraggio sono misurati in campo diversi parametri meteomarini e prelevati i campioni per le analisi di due parametri microbiologici indicatori della contaminazione fecale: Escherichia coli ed Enterococchi intestinali.