In Italia le Agenzie regionali per la protezione dell'ambiente sono nate a seguito del referendum dell'aprile 1993, che ha abrogato le competenze del Servizio sanitario nazionale e delle ex Usl nel campo del controllo e della prevenzione ambientale.
Questi compiti, con il Decreto legge 496/93, convertito dalla Legge 61/94, sono stati affidati ad apposite "Agenzie regionali", che diventano i centri deputati alla vigilanza e controllo ambientale in sede locale.
L'Arpas è stata istituita, in via provvisoria, nel 2002 con una ordinanza del Commissario straordinario per l'Emergenza idrica (Ordinanza n. 323 del 30 settembre 2002) modificata nel dicembre del 2004 (Ordinanza n. 410 del 29 dicembre 2004).
Con la legge regionale n. 6 del 18 maggio 2006 l'Agenzia è stata istituita in via definitiva.